Pusat Rehabilitasi YAKKUM didirikan pada tanggal 16 November 1982 dengan nama Proyek Rehabilitasi Bethesda atas prakarsa dari Colin McLennan dari Selandia Baru. Proyek ini didirikan untuk menolong penyandang disabilitas fisik yang ada di Indonesia dengan dukungan dana dari Persekutuan Gereja Presbyterian & Methodist di Selandia Baru.
Pendirian lembaga ini atas persetujuan Sidang Dewan Gereja Indonesia di Tomohan Sulawesi Utara. Pada awalnya, lembaga ini bernama Proyek Rehabilitasi Bethesda yang kemudian diampu langsung implementasinya oleh Rumah Sakit Bethesda. Dengan bantuan dana dari EZE pada tahun 1987 lembaga ini berhasil membangun gedung di Jl. Kaliurang Km.13,5, Besi, Yogyakarta diatas tanah seluas 9000 meter persegi. Dan pada tahun 1991 berganti nama dari Proyek Rehabilitasi Bethesda menjadi Pusat Rehabilitasi YAKKUM.
Program yang dikembangkan pada periode 1982-1994 lebih banyak membantu anak dan remaja penyandang disabiltas fisik agar mereka dapat mandiri secara fisik dan ekonomi. Pada waktu itu, kegiatan yang dilakukan masih sebatas rehabilitasi fisik dengan operasi, pelayanan klinik, fisioterapi, pendidikan, pemberian alat bantu dan kursus ketrampilan.
Pada periode 1996-2004 mulai ada perkembangan program okupasi terapi dan psikososial, sebagai bentuk jawaban terhadap kebutuhan penyandang disabilitas. Kemudian pada tahun 2007, selain masih mengimplementasikan program yang sudah ada, Pusat Rehabilitasi YAKKUM juga mulai banyak terjun ke program Rehabilitasi Bersumberdaya Masyarakat (RBM). Program RBM ini lebih banyak dilakukan langsung di masyarakat sebagai bentuk edukasi terhadap masyarakat untuk dapat menciptakan rehabilitasi mandiri yang bersumberdaya masyarakat. Sejalan dengan program tersebut, Pusat Rehabiliatsi YAKKUM juga membangun sebuah program livelihood untuk penyandnag disabilitas sebagai salah satu upaya peningkatan pendapatan ekonomi penyandang disabilitas.
Pada tahun 2011, Pusat Rehabilitas YAKKUM juga mulai mengembangkan Program Pengurangan Resiko Bencana Inklusif. Program ini merupakan program edukasi kepada masyarakat serta penyandang disabilitas di dalamnya dalam mengurangi resiko bencana sekaligus sebagai ranah advokasi penyandang disabilitas untuk bisa ikut memiliki peran di dalam masyarakat. Kesemua perkembangan yang terjadi tersebut tidak terlepas dari dukungan dan kerjasama dengan berbagai pihak, baik dari pihak pemerintah, non-pemerintah serta masyarakat sendiri.
Sebagian banyak orang mengalami kondisi disabilitas sejak lahir dan bahkan sejak dalam kandungan. Namun, sebagian lainnya mengalami kondisi disabilitas setelah lahir dan bahkan di usia dewasa yang mungkin disebabkan oleh kecelakaan, infeksi, cedera dan faktor-faktor lainnya. Disabilitas dapat dialami oleh siapa pun dan kapan pun, seperti halnya Pak Darmin yang tidak menyangka bahwa ia akan kehilangan kedua tangannya di umur 42 akibat kecelakaan kerja.
Lonjakan kasus positif COVID-19 di Yogyakarta pada tahun 2021 mengakibatkan krisis tempat isolasi di berbagai rumah sakit dan fasilitas kesehatan bagi penderita COVID-19. Shelter-shelter yang dibangun sebagai tempat isolasi mandiri pun semakin penuh. Pemerintah dan berbagai pihak kemudian berupaya dengan bergotong royong mendirikan lebih banyak shelter yang mampu menampung penderita COVID-19.
