Pusat Rehabilitasi YAKKUM didirikan pada tanggal 16 November 1982 dengan nama Proyek Rehabilitasi Bethesda atas prakarsa dari Colin McLennan dari Selandia Baru. Proyek ini didirikan untuk menolong penyandang disabilitas fisik yang ada di Indonesia dengan dukungan dana dari Persekutuan Gereja Presbyterian & Methodist di Selandia Baru.
Pendirian lembaga ini atas persetujuan Sidang Dewan Gereja Indonesia di Tomohan Sulawesi Utara. Pada awalnya, lembaga ini bernama Proyek Rehabilitasi Bethesda yang kemudian diampu langsung implementasinya oleh Rumah Sakit Bethesda. Dengan bantuan dana dari EZE pada tahun 1987 lembaga ini berhasil membangun gedung di Jl. Kaliurang Km.13,5, Besi, Yogyakarta diatas tanah seluas 9000 meter persegi. Dan pada tahun 1991 berganti nama dari Proyek Rehabilitasi Bethesda menjadi Pusat Rehabilitasi YAKKUM.
Program yang dikembangkan pada periode 1982-1994 lebih banyak membantu anak dan remaja penyandang disabiltas fisik agar mereka dapat mandiri secara fisik dan ekonomi. Pada waktu itu, kegiatan yang dilakukan masih sebatas rehabilitasi fisik dengan operasi, pelayanan klinik, fisioterapi, pendidikan, pemberian alat bantu dan kursus ketrampilan.
Pada periode 1996-2004 mulai ada perkembangan program okupasi terapi dan psikososial, sebagai bentuk jawaban terhadap kebutuhan penyandang disabilitas. Kemudian pada tahun 2007, selain masih mengimplementasikan program yang sudah ada, Pusat Rehabilitasi YAKKUM juga mulai banyak terjun ke program Rehabilitasi Bersumberdaya Masyarakat (RBM). Program RBM ini lebih banyak dilakukan langsung di masyarakat sebagai bentuk edukasi terhadap masyarakat untuk dapat menciptakan rehabilitasi mandiri yang bersumberdaya masyarakat. Sejalan dengan program tersebut, Pusat Rehabiliatsi YAKKUM juga membangun sebuah program livelihood untuk penyandnag disabilitas sebagai salah satu upaya peningkatan pendapatan ekonomi penyandang disabilitas.
Pada tahun 2011, Pusat Rehabilitas YAKKUM juga mulai mengembangkan Program Pengurangan Resiko Bencana Inklusif. Program ini merupakan program edukasi kepada masyarakat serta penyandang disabilitas di dalamnya dalam mengurangi resiko bencana sekaligus sebagai ranah advokasi penyandang disabilitas untuk bisa ikut memiliki peran di dalam masyarakat. Kesemua perkembangan yang terjadi tersebut tidak terlepas dari dukungan dan kerjasama dengan berbagai pihak, baik dari pihak pemerintah, non-pemerintah serta masyarakat sendiri.
Berdasarkan data Riskesdas tahun 2013 dan 2018, Daerah Istimewa Yogyakarta memiliki jumlah permasalahan gangguan jiwa tertinggi secara berturut-turut. Tingginya data tersebut membuktikan tingkat kesadaran masyarakat berada pada kondisi yang baik. Hal tersebut termasuk pada integrasi dan proses pendataan. Disisi lain, situasi ini membuktikan bahwa pendataan yang dilakukan Pemerintah setempat cukup konsisten. Kabupaten Kulon Progo berturut-turut menempati urutan pertama dalam kasus jumlah orang yang mengalami gangguan jiwa.
Di dalam rumahnya yang sederhana, seorang pria sedang fokus menggoreskan kuas dengan cat air di atas kanvas. Ia adalah Mas Haryata, seorang pria paruh baya yang hidup dengan disabilitas psikososial. Sehari-harinya ia beraktivitas membuat keranjang dari anyaman bambu. Lalu dijual di pasar. Ia suka melukis karena katanya dengan melukis atau menggambar, mampu menghilangkan kejenuhan dari melakukan hal yang itu-itu saja.
Kelompok Swabantu Luhur Jiwo didirikan tahun 2017 sebagai salah satu bagian utama dari pelaksana program kesehatan jiwa berbasis masyarakat (CEPLERY) yang diinisiasi oleh Pusat Rehabilitasi YAKKUM. Kelompok Swabantu Luhur Jiwo berlokasi di Kalurahan Sidoluhur, Kapanewon Godean. Kelompok ini beranggotakan 51 orang yang terdiri dari 31 ODDP, 12 pendamping, dan 8 kader kesehatan jiwa.
Pusat Rehabilitasi YAKKUM (PRYAKKUM) secara perdana memperingati Hari Clubfoot Sedunia dan Hari Teknologi Alat Bantu Sedunia tahun 2024. Ini menjadi upaya dari PRYAKKUM dalam mempromosikan pentingnya penggunaan alat bantu bagi penyandang disabilitas. PRYAKKUM didukung oleh MiracleFeet, UNOPS, HelpAge International, dan AT Scale dalam kedua peringatan bersejarah tersebut.
